Väliskaubandusstatistika käsitleb kaupade liikumist Eesti ja teiste riikide vahel. Kaubavoogude tähistamisel kasutatakse mõisteid eksport ja import. Statistikaameti poolt koostatav väliskaubandusstatistika hõlmab ainult füüsiliste kaupade liikumist, teenuste ja kapitali liikumise üle peab arvestust Eesti Pank. Riiklik väliskaubandusstatistika ei sisalda transiiti. Andmed kaubavahetuse kohta on esitatud jooksevhindades.
Väliskaubandusstatistika andmed on olemas alates aastast 1993. Kuni Eesti liitumiseni Euroopa Liiduga põhines kogu väliskaubandusstatistika tollideklaratsioonidel ning andmed on avaldatud nii põhikaubandussüsteemi (1995-2003) kui ka üldkaubandussüsteemi (1993-2003) järgi. Eesti ühinemisel Euroopa Liiduga muutus oluliselt kogu väliskaubandusstatistika koostamise süsteem, kuna EL on tolliliit ning liikmesriikidevahelised tollipiirid puuduvad. Alates 2004. aastast põhineb väliskaubandusstatistika Intrastati ja Extrastati süsteemiga kogutud andmetel, mis on metoodiliselt lähedane varasemale põhikaubandussüsteemile.
Intrastat (Intra-EC Trade Statistics) on Euroopa Liidu liikmesriikide omavahelise kaubavahetuse andmete kogumise süsteem. Andmeid kogub Statistikaamet otse ettevõtetelt statistilise aruandega Intrastat ning aruanne asendab tollideklaratsiooni ühendusesiseses kaubavahetuses. Intrastati aruandeid kauba lähetamise ja saabumise kohta peavad esitama Eestis käibemaksukohuslasena registreeritud ettevõtted, kelle käive ületab aruandeaastaks kehtestatud statistilise läve. Aruanne tuleb esitada Statistikaametile järgmise kuu 14. kuupäevaks ning iga ettevõtte aruandekohustust saab kontrollida Statistikaameti kodulehelt www.stat.ee rubriigist Andmete esitamine/Andmete esitamise kohustus. Veerust „Märkused“ saab infot selle kohta, mis ulatuses peab aruannet täitma (kõik väljad või ainult kohustuslikud väljad). Alla statistilise läve jäänud ettevõtete käive ja muud andmekaod asendatakse statistikas hinnangutega.
Extrastat (Extra-EC trade statistics) on süsteem andmete kogumiseks kaubavahetuse kohta Euroopa Liitu mittekuuluvate riikidega. Andmeid kogub Maksu- ja Tolliamet tollideklaratsioonidega. Kogutud andmed edastatakse Statistikaametile riikliku väliskaubandusstatistika koostamiseks.